Die 2002 gegründete gemeinnützige Margarete-Ammon-Stiftung verfolgt den Zweck, zum Wohle der Menschen zu wirken sowie Kreativität und Erfindungswesen auf naturwissenschaftlichen, technischen, ökologischen und kulturellen Gebieten zu fördern. Die Margarete-Ammon-Stiftung ist sowohl fördernd als auch operativ tätig. Das heißt, sie unterstützt ausgewählte, auf ihre Gemeinnützigkeit überprüfte Vorhaben Dritter oder verwirklicht eigene Projekte. Der Zweck der Stiftung ist insbesondere:

• Förderung der Forschung auf dem Gebiet der Humanmedizin, insbesondere der Medizin für Frauen
• Förderung, Planung und Durchführung von Projekten zur Landschaftspflege, insbesondere in Bayern
• Förderung und Durchführung von Maßnahmen zur Aus- und Fortbildung vornehmlich im nichtakademischen Bereich
• Förderung der Gleichstellung von Frauen in Beruf und Gesellschaft
• Förderung von Kunst und Kultur, insbesondere in Bayern
• Förderung mildtätiger Zwecke, insbesondere in Bayern